年，美国农业部(USDA)出台了一个旨在减少食品中病原体的“危险性分析关键控制点(HACCP)系统”。作为该系统的一部分，年USDA开始对肉类和禽类加工厂进行大规模的沙门氏菌常规检测。
有意思的是，在禽类中分离率相当高的血清型在人群中的分离率(～年)都呈下降趋势，而同期鸡和火鸡的年人均消费量却在增加(人均鸡消费量从39.1磅增至50.9磅，火鸡消费量从11.6磅增至13.9磅)，而猪肉的年人均消费量略有减少(从47.7磅降至45.6磅)。在HACCP系统开始实施之前，这些血清型的分离率就已经开始下降，这可能与几年来整个行业内悄然发生的变化有关。如在80年代晚期，火鸡饲养者就已经开始给火鸡提供经氯气消毒的饮用水以提高火鸡群的健康状况，可能正是由于这些进步使得两种禽类相关的血清型—哈达尔沙门氏菌(S.Hadar)和海德尔堡沙门氏菌(J.Heidelberg)在人群中的分离率大大降低。
～年期间，斯坦莱沙门氏菌(S.Stanley)的分离率稳步上升，年最高，并且发生了一次大爆发。同期内，乙型副伤寒沙门氏菌的分离率也呈上升趋势，且该菌与爪哇沙门氏菌(S.Java)很难区分，这两种血清型最主要的生化特性差异就是爪哇沙门氏菌的酒石酸盐试验为阳性，但绝大多数州的公共卫生实验室都没有开展这项试验。这两种沙门氏菌感染率上升的原因尚不清楚，但目前已经在爬行动物体内分离到这两种沙门氏菌。
向CDC提交的报告的完整性有了很大的提高，如未知血清型的分离株所占的百分比从年的6.2％下降到年的1.1％。另外，报告中有关患者年龄记录的比例也有所上升。