近期河南省疾控，赵嘉咏；中国疾控卢昕，阚飙等在《EmergingMicrobesInfections》以Moleculardiagnosticsandnext-generationsequencingrevealrealetiologicalcharacteristicsofinvasiveSalmonellainfectioninfebrileillnessinFreetown,SierraLeone为题发表了一篇研究性文章。
作者将研究方向聚焦于非洲伤寒/副伤寒引起公共卫生安全问题。通过多种方法对名患者进行了评估，得出如下结论，临床常用的肥达试验会对结果有明显的高估；测序实验能够提供更准确诊断和更有效的数据；nanopore测序不需要复杂的实验室方法可使只有基本设备的实验室能充分利用更佳的技术。
图.文章的实验设计思路，全基因组测序结果，溯源分析结果.
在非洲，公共卫生的一大负担是侵入性沙门氏菌属感染引起的伤寒/副伤寒，其主要临床症状之一为持续性高热。临床中肥达试验来检测辅助判断伤寒杆菌感染。在本研究中，作者在塞拉利昂伤寒负担最高的城市弗里敦进行了一项基于实验室的调查，使用血液培养和分子方法，而不是肥达试验，以评估发热患者侵入性沙门氏菌属感染的患病率和病原学。结果表明，在调查期间，伤寒在发热患者中的患病率非常低，因此肥达试验显然高估了这一患病率。从本次工作中分离出的伤寒杆菌的基因组测序显示，该菌株携带多种抗生素耐药基因，而且在塞拉利昂也发现了一种在西非存在多年的流行病克隆株。通过宏基因组测序，1例侵入性非伤寒沙门氏菌患者被确定为合并细菌感染。这表明，需要充分的利用更佳的检测技术和数据获得更准确的诊断和病原学表征用于对沙门氏菌感染的流行和风险评估。作者认为，加强基于准确的实验室诊断和基因组测序监测能够更好地评估真正的流行病，并通过病原学分析对非洲的潜在风险进行评估。即使在只有基本设备的实验室里，也可以通过测序发现血流感染的病原体，并确定病原体的病原学特征，而不需要复杂的实验室方法组合。
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